뉴욕의 하수구로 스며든 미스터리한 녹색 액체, ‘우즈’로 인해 아기 거북이 네 마리와 청년 쥐 스플린터는 사람과 비슷한 모습의 돌연변이가 된다. 15년 후, 10대 청소년이 된 레오나르도, 미켈란젤로, 라파엘, 도나텔로는 하수구에 숨어 사는 생활에서 벗어나 인간 세상에서 평범한 삶을 살고 싶어하고 우연히 만난 학생 기자 에이프릴과 함께 도시를 위협하는 '슈퍼플라이'와 그 일당을 물리치면 뉴욕의 히어로가 되어 당당히 세상에 나갈 수 있을 거라는 꿈을 꾸는데… 인간들을 모두 돌연변이로 만들겠다는 ‘슈퍼플라이’의 음모로 위험에 빠진 뉴욕! 틴에이저 히어로로 다시 태어난 ‘닌자터틀’ 형제들의 스트릿 액션 어드벤처가 펼쳐진다!